MySQL Reference Manual :: 2.11.2 Downgrading to 4.0mysql 4.1.xのmysqldumpと mysql 4.0.xの互換性がないのでダウングレードする際にはまる。
The table format in 4.1 changed to include more and new character set information.
Because of this, you must use mysqldump to dump any tables you have created with the newer MySQL server.
mysql 4.1.xで
shell> mysqldump --create-options --compatible=mysql40 db_name > dump_file
mysql 4.0.xで
shell> mysql db_name < dump_file
すればよさげ。
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